南京医科大学研究生院成立于2005年，是我校培养研究生的管理部门。该院下设基础医学部、临床医学部、公共卫生部等教学部门。院内设有博士、硕士专业学位授权一级学科点，现有病理生理学与病理生物学、人体解剖与组织胚胎学、神经生物学、免疫学、生物物理学、生物化学与分子生物学、药理学、人文与社会医学等8个博士点；临床医学、口腔医学、中西医结合、护理学等4个硕士专业学位授权一级学科点。同时，研究生院还设有实验技术及管理等支撑平台。
南京医科大学的硕士研究生入学要求：应具有相应学士学位；能熟练运用英文进行专业学习及科学研究；有一定创新意识；年龄不超过35周岁。博士研究生入学要求：应具有相应硕士学位；能熟练运用英文进行专业学习及科学研究；有一定创新意识；年龄不超过40周岁。优秀的师资力量，丰富的科研资源和优越的人文环境，打造南京医科大学研究生教育的品牌。
南京医科大学研究生院不仅是南京市和江苏省研究生教育的重要基地，也是全国医学研究生教育和卫生行业专业人才培养中心之一。毕业生不但在国内医、教、研部门工作中表现突出，还有非常多的人才受到国际主流医学研究所和企业的欢迎，被认为是把握先机走向国际化的新一代医学研究人才。
